Latvijas Universitātes Teoloģijas fakultāte sadarbojas arī ar Latvijas organizācijām, kas pārstāv ar teoloģiju un reliģijpētniecību saistītus laukus, kā piemēram,  Rīgas anglikāņu Sv. Pestītāja baznīca un Latvijas Bībeles biedrība, kā arī veido mijiedarbību ar citu jomu pārstāvjiem, piemēram, Paula Stradiņa klīniskās universitātes slimnīcu.